企業發放員工獎酬股後，務必要留意申請投資抵減時，財、稅帳上處理有別，台北國稅局表示，財務帳上可能會分期估列薪資費用，但若想申請研發投資稅務抵減，必須要實際支付獎酬股後，才能依費用認列年度申請。

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坊間高度仰賴專業技術的產業，包括科技業及生醫產業等，皆愛用員工獎酬股的模式，提供員工技術作價入股的可能，但為了留住專業人才，往往也會於內部規定，須綁定一定的服務年限，才能取得獎酬性質的技術股。

官員指出，企業聘雇專門從事研發工作的全職人員，其薪資費用其實可以作為研究發展支出而享用稅務優惠，其中獎酬員工的股份，雖然是權利性質的商品，不過還是可以用股價等資訊，來算出這筆獎酬股的公允價值，並在給付日按照它的實際價值，列為研發人員的薪資費用。

根據《產業創新條例》第10條規定，企業年度研發支出，可以就支出的15％，申請直接抵減當年度的營所稅額；或是在支出金額的10％限度內，分三年抵減營所稅。官員指出，去年的營所稅申報案件中，就有一間科技公司申請研發抵減，主張在年度間已經轉讓二次庫藏股給員工，分別列報150萬元、120萬元。

然而國稅局後來發現，這間公司基於內部作業流程，第二次發放獎酬股時，已經拖到隔年年初才發放，雖然二批獎酬股理應在同一年度發放，但國稅局還是將延誤發放的120萬元剔除，這間公司當年度也因此少了近半研發抵減的額度。

又特別針對綁定服務年限的情況，官員表示，營利事業在內部財務帳上可能會逐年認列員工獎酬股的費用，但是就稅務上而言，必須等到確實際發放或執行後，才可以適用投資抵減規定。