承包工程難免發生違約，南區國稅局表示，當營業人發生違約情形，須以賠付違約罰款，應留意營業稅課稅規定，若是以工程款抵付罰款，仍應依工程總額開立發票，若私下約定減除工程款，將視為漏報開罰。
官員表示，先前查核轄內案件發現，有間甲公司承攬乙公司的廠房整建工程，工程總額造價1,000萬元，但是因工程延宕，未能如期完工，甲公司須向乙公司賠償違約金40萬元。
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為了給雙方方便，乙公司沒有直接索取違約金，而是從尚未給付甲公司的100萬元尾款中，直接扣除逾期違約金40萬元。
上述金流雖然都在合理範圍，但是問題出現甲公司開發票的方式，官員表示，在最後一期尾款中，甲公司沒有依全額開立100萬元發票，只以減除違約金之後，剩餘60萬元開立發票，被國稅局查獲與實際交易情形不符，認定有40萬元漏未開立發票、未申報銷售額，不僅除補徵營業稅2萬元，還有額外裁處罰鍰。
官員表示， 營業人承包工程後，如因工程逾期，遭發包人依工程合約處以罰款，雖然很可能直接從應付工程款扣抵違約款，但是違約金、工程款發票是兩回事，承包人不可以因為拿工程款抵付違約金，而免除開立發票與報繳稅款相關義務。
官員強調，各期工程款應開立的發票金額，有合約為憑，就算因案件逾期完工等違約情形，遭到發包人扣款，於開立統一發票時，還是要留意發票金額，須依照工程合約所載每期應收價款，正確開立發票，以免後續遭到補稅及處罰。
