因應新冠肺炎，財政部提供減稅優惠，企業在員工防疫隔離假期間給薪，薪資費用可加倍減除，不過財政部及國稅局提醒四大注意事項，包括應依實際給薪核實計算、請假事由不可歸責於雇主才適用、不可重複適用租稅優惠、應減除補助款等，提醒企業辦理所得稅申報時留意。
新冠肺炎紓困振興特別條例規定，企業、團體給付員工防疫隔離假的薪資，可就薪資的200%自當年度所得額中減除，目的在於鼓勵企業在防疫隔離假期間仍給薪。而隨著報稅季到來，財政部、國稅局紛紛提醒企業實務上應留意的眉角。
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首先，營利事業適用這項租稅優惠時，應將員工請假日數扣除例假日及休假日後，依實際給薪金額加倍計算，自當年度營利事業所得額中減除，並以計算所得額至零為限。
國稅局舉例，陳君任職甲公司，月薪6萬元（日薪2,000元），他去年4月1日至4月14日間經衛福部認定應接受居家隔離，這段時間共有例假、休假日共六天，陳君共請了八天防疫隔離假。若甲公司僅支付八日半薪，也就是8,000元給陳君，則應以實際給付的兩倍金額1.6萬元自所得額中扣除。
其次，員工請假事由須為「不可歸責於雇主」，才能適用薪資加倍減除，假行疫情指揮中心已宣布特定區域返台民眾須接受檢疫隔離後，雇主還是指派員工赴該地工作，則屬「可歸責於雇主」事由，就無法適用。
第三，企業給付給受雇員工在防疫隔離期間的薪資，若已適用其他租稅優惠，例如研發全職人員薪資費用投資抵減，將無法適用薪資加倍減除。
第四，計算薪資加倍扣除時，應先減除政府補助款。
