南區國稅局臺南分局表示，以往扣繳單位如有兩個以上不同部門處理憑單申報業務，未於網路上傳前先行彙整成1個檔案再上傳，由於檔案名稱相同，各自上傳將會有「後檔」覆蓋「前檔」情形；為解決此類問題，財政部財政資訊中心已修正各類所得憑單資料電子申報系統，將原檔案名稱「統一編號.年度」，新增扣繳單位以「檔案識別碼」區分申報檔案，解決無法同時多人作業採用網路申報問題。

該分局舉例說明如下，某甲公司有人資、會計、股務等部門，扣繳申報時各自產製所得憑單申報檔，檔案名稱均為「00001234.109」，因申報系統採「後檔」覆蓋「前檔」方式處理，所以無法同時採用網路申報；實務上，會由人資併會計部門的檔案再作網路申報，股務部門則採媒體申報。申報系統修正後，某甲公司申請配發「檔案識別碼」，經核准後，人資、會計、股務等部門各自產製之申報檔，檔案名稱以「檔案識別碼」區別，分別為「00001234.A.109」、「00001234.B.109」、「00001234.C.109」，因為檔案名稱命名不同，可以同時採用網路申報，扣繳申報更方便了。

該分局說，「檔案識別碼」適用於居住者與非居住者所得憑單申報，即不論憑單是由公司人員自行申報或委託人力仲介業者、股務代理業者代為申報，公司皆可申請配發「檔案識別碼」，核准後，不同部門人員可同時網路申報所得憑單，節省製作憑單及遞送人力成本，歡迎有需要的扣繳單位向所在地國稅局提出申請。

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