台北國稅局表示，企業申報研發支出抵減時，要先選定抵減稅額的方式，看是在支出金額15%限度內抵減當年度營所稅額，或是在支出金額10%限度內，抵減連續三年的營所稅額。
官員表示，諸如《產業創新條例》第10條、《中小企業發展條例》第35條等規定，都有提供研發支出抵減的租稅優惠，兩項法規提供的抵減方式是一致的，企業可以選擇在支出當年度抵減，或將費用攤到三個年度當中，延續節稅效果；不論採哪一種方式，最多可申報抵減的金額，都不能超過當年度應納營所稅額30%。
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二種模式的差異，還包括可抵減的比例，官員表示，如果要在當年度抵減，最多可以抵減總支出的15%；但如果要分三個年度抵減，最高只能抵減研發支出金額的10%，而且抵減方式一經擇定，後續就不能再變更。
既然分三年度可抵減比例較低，為何會有企業選擇第二種模式呢？官員舉例，假設A公司在進行研發投資的當年度，其實總體申報的課稅所得額是虧損，就沒有可以抵減的稅額，但為了延續節稅效果，就可以選擇依研發支出金額10%抵減連續三個年度，雖然抵減率較低，但可以讓後續兩個年度，都享受到節稅的效果，反而比較有利。
