進項發票的節稅效果，僅限於申報期間內確實申報的發票，南區國稅局表示，很多營業人被查到漏報銷售額，才想提出進項憑證抵稅，在稅法上是行不通的。
官員表示，依《加值型及非加值型營業稅法》第35條規定，營業人不論當期有無銷售額，都應按期申報銷售額、應納或溢付稅額，這代表進項稅額的扣抵，要以「已申報」為前提。
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然而在實務經驗上，官員表示，很多營業人常常會把進項發票扣在手中，認為當期進銷金額已經足額，不想將進項全部申報給國稅局，這就可能會導致漏稅發生時，反而損失進項扣抵的權益。
官員舉例，國稅局最近查獲台南某間汽車零件批發公司，在上一期漏開一張銷售額500萬元的發票給客戶，但在被國稅局查獲之後，這間公司才把原始向製造商進貨的400萬元發票拿出來，跟國稅局主張該筆發票尚未申報，想要扣抵漏稅的部分。
然而依據稅法規定，這樣做是不行的，官員表示，針對此個案，國稅局仍以5%計算出25萬元漏稅額，向該公司進行補稅並裁罰。
官員表示，由於罰鍰是以短漏稅額來計算，因此對於營業人而言，無法以進項發票扣抵稅額，影響就會更大。
如果真的是出於一時疏忽而漏開發票，官員表示，可以在未經檢舉、未經國稅局調查之前，主動向轄區國稅局補申報，並加計利息補繳稅款。
官員表示，用此方式主動補申報的案件，國稅局還是會認可當期的進項憑證，可以用於扣抵銷項稅額 ，不會因為先前漏報而喪失權益。
