台商進行研發活動，兩岸可適用的租稅優惠不同，安侯建業聯合會計師事務所表示，台灣最主要可運用產創條例當中的投資抵減機制；中國大陸則是擴大稅前可扣除的額度。
安侯建業會計師劉中惠表示，研發功能在價值鏈當中，扮演了重要角色，台商全球布局時，兩岸租稅優惠政策不同，首先是政策目的上，台灣法令強調研發應具備高度創新，而大陸法令，則以獲得新知識或實質性的改進為目標。
適用方式上，台灣採取前置審核作法，大陸則重後續管理。
比較租稅優惠的內容，劉中惠表示，以《產業創新條例》等法規提供的研發獎勵為例，將研發功能放在台灣，研發費用可在不超過當年度應納稅額30%範圍內，就「抵減率15％，抵減年限一年」或「抵減率10％，抵減年限三年」擇一方式抵減營所稅額。
中國大陸的做法就和我們很不一樣，劉中惠表示，在陸研發費用，一般企業可以加計75%稅前扣除；製造業則可獲加計100%在稅前扣除。
以實例來理解兩岸的研發獎勵差異，劉中惠表示，若一家製造型企業新增1,000萬元的研發支出投資，按照兩岸各自的法定稅率計算，在台灣可以產生350萬的抵稅效果（法定稅率20％+產創優惠15%），在大陸則可產生500萬（1,000萬元的費用可加倍認列為2,000萬元，依稅率25%計算）。
除了研發抵減之外，劉中惠提醒，台灣亦有未分配盈餘投資抵減措施，大陸也提供高新技術企業優惠，可適用較低的15%企業所得稅率，皆可列入台商評估研發功能配置的考量當中。
安侯建業稅務投資部協理任之恒表示，台商若選擇將部分研發功能布局至大陸，除了享受較高的支出抵減、高新技術企業優惠稅率之外，諸如研發人員出差而衍生的服務費或權利金等，實務上也比較不會受到台方稅局的挑戰。
