移轉訂價查核主要是針對企業間的受控交易，不過有部分交易型態可以免於查核，台北國稅局表示，企業的交易對象若屬公營事業、代理商、經銷商或獨占事業，可以免視為受控交易，不必準備移轉訂價文據提供查核。
官員表示，一般企業關係人之間進行受控交易，價格成本等皆可於內部調控，因此國稅局會要求企業依《營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則》第21條規定，按指定格式揭露關係企業或關係人資料、從屬或控制關係、持股比例結構圖，以及關係人間相互間交易的資料，備妥移轉訂價報告以供查核。
不過在部分情況下，其實一些交易看似受控交易，譬如A企業大幅依賴B企業的專利權才能營運，但其實是因為市場因素導致，此時A企業可以提供交易契約、訂價依據等文件，說明市場因素及採購緣由，並提供雙方股東名簿及董監事名單等資料，證明雙方並非關係人交易，由國稅局確認屬實後，可以免提示移轉訂價報告。
而如果營利事業的交易對象具特定身分，如公營事業、特定產品的代理商及經銷商等，企業跟這些對象交易時，只要實際上並無實質控制或從屬關係，即可免備妥移轉訂價文據。
