《產業創新條例》第10條提供研發支出投資抵減，不過財政部北區國稅局提醒，為避免同一筆研究發展費用享有雙重優惠，公司因從事研發取得的政府補助款，除應在申報營利事業所得稅時列報收入，在申請投資抵減時也應自研發支出中減除。
北區國稅局舉例，甲公司107年度營所稅結算申報中，共列報研究發展支出1,500萬元，投資抵減225萬元，國稅局查核後發現甲公司已取得政府補助款100萬元，卻未在研究發展支出中減除，最後被剔除補稅。
推薦
國稅局表示，政府對公司的研究發展支出，訂有租稅減免獎勵，但為避免同一筆研究發展費用享有雙重優惠，依規定，公司或有限合夥事業適用投資抵減的研發支出，不包含政府補助款及研發單位產生的收入。
因此公司若有取得政府補助，除應在辦理營所稅結算申報時將該筆補助款列報收入外，並記得應自申請投資抵減稅額的研究發展支出中減除，以免後續被剔除補稅。此外，除了產創條例第10條提供研發投資抵減外，中小企業發展條例第35條也有相關規定。國稅局也提醒，兩者僅能擇一適用，以避免重複租稅優惠，提醒公司辦理結算申報時留意，以免影響權益。
依產創條例第10條規定，近三年無違反環保、勞工或食安等相關法律且情節重大情事的公司，在研究發展上的支出，經主管機關認定符合高度創新者，可申請適用抵減應納營所稅額，希望藉此鼓勵企業挹注研發支出。
依規定，公司在辦理當年度營所稅結算申報時，若想使用投資抵減，可從抵減率15%、抵減年限一年；或抵減率10%、抵減年限三年，兩種方式二擇一；而抵減方式一經擇定，在當年度結算申報期間屆滿後就不得變更，營利事業記得慎選，也應注意各項要件。
