財政部中區國稅局員林稽徵所表示，營利事業計算適用新制的房地交易所得時，如果有兩筆以上之土地，應依規定逐筆計算交易所得額及減除其土地漲價總數額，勿將各筆土地漲價總數額加總後作為減項一次扣除，以免計算錯誤。
員林稽徵所表示，個人的房地合一稅採分離課稅申報，營利事業的房地交易所得是併入年度所得於隔年5月辦理結算申報。兩者制度不同。
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官員指出，當房地交易賺得不多，減去「土地漲價總數額」有可能變成負數，但在稅務處理上，新制房地交易所得是零，而不是負值。
如果沒有逐筆計算，很可能會把負值和正值相加，那麼計算出來的結果會出現錯誤，很可能會被調整補稅。
