股票等證券交易所得目前免稅，但並非所有股份交易都可享免稅優惠，北區國稅局表示，包括獨資事業、有限公司等出資額轉讓，都不屬於證券交易，可能會被課徵最高40%綜所稅；部分未上市櫃公司股票若簽證不確實，也會害股東出售股票時遭課稅。
官員表示，無論上市櫃與否，公司股票經過合法的簽證程序後，便是屬於有價證券的性質，在交易過程依法課徵證交稅，而出售股票的交易所得可以免稅。
不過實務上還是會碰到幾乎例外的情形，官員表示，譬如有限公司未發行股票，而是以出資額來認定股東的股份，那麼當原有股東轉讓出資額時，被轉讓的股權就不算是有價證券，而是股東本身的財產，出售利得就屬於財產交易所得，要併入綜合所得課稅。
官員表示，如果是普通股東的話倒還好，但如果是事業創辦人賣掉公司，就發生過不少慘痛案例，最近國稅局就查到一位老闆，他在2014年創辦公司，出資額500萬元，做得有聲有色，後來2016年以1,300萬元的價格，將公司賣給新東家，誤以為不用申報綜合所得，結果被補稅加罰360萬元。
不只是有限公司，針對獨資事業的轉讓，也是同樣的課稅模式，官員表示，甚至實務上這類情況也會發生在股份有限公司，如果公司股票簽證沒做確實，股東出售未簽證股票時，也會視為財產交易所得，會被併課綜所稅。
官員表示，認定轉讓出資額的財產交易所得，國稅局還是會核實計算，即以股東為取得該出資額，實際支付的價款為準，認定為出售時的成本，如果股東本身另有其他可供舉證的成本，也可以向國稅局一併提出。
