財政部北區國稅局表示，醫療財團法人係屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益慈善機關或團體，若符合行政院發布之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」(下稱免稅標準)者，除銷售貨物或勞務之所得，應依上開免稅標準第3條第1項規定課徵所得稅外，免納所得稅；其銷售貨物或勞務之虧損，可比照公司組織之營利事業，如符合所得稅法第39條但書規定，得自以後10年度銷售貨物或勞務之所得中扣除。
該局舉例說明，甲醫療財團法人109年度教育文化公益慈善機關或團體及其作業組織所得稅結算申報時，係屬如期申報並經會計師簽證查核案件，其列報銷售貨物或勞務收入8,800萬元、銷售貨物或勞務之支出9,200萬元 銷售貨物或勞務以外之收入2,800萬元、與創設目的有關活動支出2,900萬元，甲醫療財團法人本期餘絀數為虧損500萬元，惟銷售貨物或勞務虧損400萬元，甲醫療財團法人以後年度虧損扣除之金額為400萬，而非500萬元(詳如下表)。
該局進一步說明，甲醫療財團法人銷售貨物或勞務虧損400萬元，銷售貨物或勞務以外之虧損100萬元，甲醫療財團法人僅能就銷售貨物或勞務之虧損400萬元，於以後10年銷售貨物或勞務之所得中扣除；至銷售貨物或勞務以外之虧損100萬元，不得自以後年度所得扣除。
該局呼籲，針對醫療財團法人申報所得稅，如仍有不明暸之處，可至該局網站(網址為https://www.ntbna.gov.tw)查詢或歡迎撥打免費服務專線：0800-000321洽詢，該局有專人竭誠為您服務。
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