企業欲透過盈虧互抵機制抵減應稅所得，有二點注意事項必須留意，北區國稅局指出，首先，企業所主張的虧損數，須以國稅局核定為準；其次，計算虧損數時，還要將當年度的投資獲利納入計算，抵減額度因此會受到影響。
企業適用盈虧互抵，須符合四項要件，官員指出，首先，申請方必須是公司組織，或其他具有獨立法人格的組織；其次，組織的會計帳冊簿據應完備；第三，虧損及申報扣除年度，都要使用藍色申報書或經會計師查核簽證；第四則是如期申報。
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官員表示，由於商業環境伴隨風險，企業經營過程中，難免有部分年度虧損、部分年度賺錢，符合上述四項要件的企業，在有獲利的年度，可以利用前十年內各年度的虧損，從當年度純益額中扣除，再行計算應繳稅額，以盈虧互抵達到節稅的效果。
雖然此項制度行之有年，但還是有二類很常見的錯誤申報情形，官員表示，首先，適用扣抵的前十年內各期虧損，必須是「當年度」、「經稽徵機關核定」的虧損數。
官員表示，每年營所稅申報結束後，國稅局會依據申報內容及查核結果，最後核定出來的虧損數，未必等同企業原本申報的金額，很多企業主張盈虧互抵時，卻是原本申報的虧損數，甚至是拿帳載的累計虧損來抵，這些都是不合格的，可能會被調整補稅。
第二項常見的列報錯誤，在於忽略虧損年度的投資收益。官員表示，依《所得稅法》第42條規定，營利事業的投資收益，可以不必不計入當年度所得額，因此當年稅上核定的虧損，也沒有計算到這筆收益。
但如果要主張盈虧互抵，官員表示，虧損年度若有投資收益，須納入計算後，重新得出正確的虧損數，並以此適用盈虧互抵。
