武漢肺炎疫情期間，境外電商銷售兩樣情，3、4月外送、遊戲、影音類明顯成長，但訂房、叫車類營收衰退，甚至腰斬，使整體稅收微減；另外，部分小型業者在綜合考量各項成本後，選擇註銷稅籍，退出台灣。

2017年5月起，台灣實施境外電商課稅新制，在台無固定營業場所的境外電商，只要年銷售額在新台幣48萬元以上，就要辦理稅籍登記，並報繳營業稅、營所稅，且要求從今年元旦起，配合開立雲端發票給消費者。

台北國稅局表示，從課稅新制上路以來，隨辦理稅籍登記的業者越來越多、線上商機蓬勃，每期（2個月）申報的營業稅額快速上升；不過，受武漢肺炎（2019冠狀病毒疾病， COVID-19）疫情影響，近期境外電商家數及稅額都微幅向下修正。

台北國稅局指出，3、4月期境外電商申報營業稅額約7.91億元，比前一期略為縮減，退回到2019年10月左右的水準，主因在疫情影響下，各類業者表現有增有減，呈現兩樣情。

隨民眾減少出門、旅遊，待在家時間變長，對線上遊戲、外送訂餐、線上影音、資安服務需求增加，這些類型業者銷售額明顯成長，但訂房平台業者則營收腰斬，叫車服務業者營收也下滑，使整體境外電商營業稅規模小幅縮減。

另一方面，相較2月中旬，在台灣已登記稅籍並營業中的境外電商有112家，如今減少到105家。台北國稅局表示，有部分業者近期註銷在台稅籍，一方面是因疫情衝擊，另一方面是因今年起跨境電商要開發票，須投入一定的系統建置成本，綜合考量下，認為「無利可圖」而選擇退出。

台北國稅局統計，目前105家營業中的境外電商，有78家已合規開立發票，其餘27家中有2家正在申請，25家仍在輔導中，日前已根據營業稅法開罰，因「核定應使用統一發票而不使用，每間開罰3000元，之後還可加重罰鍰、連續處罰。

台北國稅局表示，若境外電商業者後續仍不配合開發票，可能展開第2波裁處，改依據罰鍰金額更高的稅捐稽徵法條文開罰，視為「未依規定給予憑證」，就沒開發票部分的銷售額處以5%罰鍰，最高上限100萬元。