公益、慈善及文教團體，原則上大部分所得可享免稅優惠，但有些例外情況，台北國稅局指出，諸如舉辦教育訓練活動、運動會等活動，並收取報名費或贊助費等，就很有可能構成銷售行為，相關收入就必須課稅。
官員表示，依《所得稅法》第4條規定，符合行政院所訂標準的機關團體，本身及附屬組織的所得，都可以免納所得稅，但並不是所有所得都免稅，如果是基於銷售貨物或勞務、因而具有對價關係的收入，其實還是要課稅。
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常見的課稅情況有好幾種，官員表示，譬如企業基金會在疫情期間辦理訓練課程，向參訓學員收取費用；社福團體承辦政府委辦業務，因而取得補助款收入；甚至是舉辦運動賽事、活動而收取門票收入等，都屬於銷售貨物或勞務，這些收入都要課徵所得稅。
官員表示，最近查核舊案才發現，某協會107年度申報營所稅時，誤把舉辦課程的收入25萬元列為免稅收入，但其實該課程是有收費的，國稅局確認當時課程另有成本費用10萬元後，轉正核定課稅所得額15萬元，最後向協會補稅3萬元。
除了舉辦收費課程而被調整補稅，官員表示，該協會當年收到的捐款等收入，直到年度結束還留下20萬元左右結餘款，這部分才符合財政部所訂的免稅標準，得以留存運用，不必繳納營所稅。
