財政部國稅局指出，若股利單次給付超過2萬元以上，像是某一檔股票配股利給個人超過2萬元、就必須扣取1.91％的全民健保補充保費。此外，官員也提醒，在申報綜所稅時，必須將已扣取的健保補充保費併入所得計稅。
依照我國全民健康保險扣取及繳納補充保險費辦法規定，在2016年以前，若股利、利息所得、租金及執行業務收入單次給付金額超過5千元，必須扣取二代健保補充保費。但是，自2016年起，我國為鼓勵民眾投入股市，經行政院會議後，衛福部將扣取門檻從5千元提高到2萬元，幫助小額存股族減輕負擔。
二代健保補充保費門檻為單次給付，也就是按一次給予的金額而定，因此每一檔股票單次派發股利給個人超過2萬元才要扣取健保補充保費。若按照台股平均殖利率6％試算，持有單一檔股票33.3萬元以上需扣取健保補充保費，存股族可自行調配持股部位、避免落入扣取費用範圍。
財政部官員則表示，近年來有部分存股族錯列所得，主要關鍵就在於漏報健保補充保費部分。官員指出，全民健保補充保費為民眾應繳納費用，而且依照所得稅法規定、目前無法扣除費用，換言之，即使領股利時被扣取大量的二代健保補充保費，這些費用還是要列入所得課稅。
官員也舉例，2019年有一位台北市A先生投資眼光獨到、選擇單一科技股，當年度獲配該科技公司股利200萬元，而科技公司在派發股利前、依照健保費規定先行扣取1.91％二代健保費約3.82萬元。
然而，他在2020年報稅時，在個人股利所得部分僅申報196.18萬元，經過查核，國稅局認定他的股利所得應為200萬元，因此開出補稅單、要求補繳7,640元稅金，雖然A主張這是虛增所得、而且根本沒有拿到，不應課稅，但國稅局認為所得稅法並未將二代健保補充保費列為減稅項目，因此仍要依照股利派發額度計稅。
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