企業申請研發支出抵減，即便是已經通過的研發計畫，也要留意兩項重點，北區國稅局表示，首先，列報費用時應名實相副，成本要能跟符合研究計畫內容；其次則是常見的錯誤型態，包括例行性檢驗支出、市場測試支出等，都很容易被國稅局剔除在研發支出之外。
官員表示，為鼓勵企業積極投入研究發展，若公司能符合《產業創新條例》第10條規定，近三年內都沒有違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律，可向經濟部工業局等主管機關提出研究計畫，便能在法規授權的限度內，以研發支出抵減應納營所稅額。
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然而在國稅局實務查核過程中，卻發現有很多企業在研究計畫通過後，打算以名實不副的帳款申報抵減。官員表示，並非研發單位產生的所有費用，都能夠申請抵稅，依《公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法》規定，企業可列報的研發支出，包括全職研發人員的薪資、教育訓練費、採購必要資料庫及無形資產的費用，以及專供研發單位研究用的耗材、原料等費用。
官員表示，最常出錯的項目，在於最後一項專用耗材的部分，官員指出，抵減辦法有明確規定，專供研發單位使用的耗材，必須具備完整的進、領料紀錄，而且還要能跟研究計畫本身，或研究紀錄、研究報告等相互勾稽，確認真的是用在原本申請通過的研究項目上，相關費用才能提出抵減。
除此之外，抵減辦法也以負面表列的方式，列出許多種不能抵減的項目，官員表示，很多企業申請研發抵減計畫通過後，偷偷將例行性檢驗支出、市場測試支出、廣告費，甚至是研發人員的差旅費、保險費及膳雜費等費用，列在耗材費用項下，這些全都是法規明訂排除的項目，只要國稅局查核發現，一定會剔除在研發支出之外。
