外商申請按特定利潤率課稅後，要留意節稅措施有利有弊，台北國稅局表示，外商特定利潤率已經涵蓋成本概念，即便台灣分公司當年度有虧損，也無法再主張扣除。

依據《所得稅法》第25條規定，官員指出，外商在台灣從事特定業務，譬如承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，如果成本費用分攤計算困難，則可以申請依境內營業收入的15%計算所得額。

官員說，如果經營的業務是國際運輸，更可以申請只依境內營業收入10%計算所得額。

官員表示，理論上外商在台灣若設有分公司，有義務由分公司單獨設立帳簿、並計算其營利所得課稅，只有從事上述法律指定業務，且成本費用又不容易分攤計算，才可以申請依特定利潤率課稅。

既然是成本費用分攤不易，官員表示，其實特定利潤率本身就包含了成本概算，所以如果外商發現在台分公司營業虧損，想要再額外減除當年度虧損部分，過去財政部就已發布函釋，定調為不得扣除。

官員表示，最近查核2017年營所稅申報案時發現，有間美商申請特定利潤率後，申報在台所得150萬元，但這間美商的台灣分公司，在當年度虧損80萬元，美商會計人員自行核算後二者加總，申報課稅所得為70萬元，結果國稅局不認分公司的虧損額，讓這間美商被補稅13.6萬元。

官員表示，所得稅法25條只是提供一套便捷的計算方式，外商如果認為當年度虧損，可以整年都改採核實計算，但不能部分所得是用特定利潤率計算、部分所得又採核實計算。