近期有財團法人大手筆買下高總價商辦，引起市場關注。對於課稅方式，財政部表示，財團法人、慈善機構這類機關團體，若買賣房地產有所獲利，原則上必須比照一般公司課稅，換言之，若機關團體有短期炒房行為，一樣躲不過房地合一稅2.0。
財政部官員表示，一般機關團體通常有兩類收入，包括銷售貨物或勞務「以外」收入、銷售貨物或勞務收入。銷售貨物或勞務以外收入主要包括捐款、利息所得等，是多數慈善團體的收入大宗。這部分收入依現行機關團體免稅標準，用於與創設目的有關活動的公益支出，須達基金孳息及其他收入的60%，才能免稅。若未達60%，且結餘款超過50萬元，就須編列結餘款使用計畫，經主管機關同意才免稅。
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財政部曾於2018年提出機關團體免稅辦法修正草案，送行政院核定，將機關團體分級，當年度收入1億元以上者，公益支出比率需達80%才免稅；5,000萬以上、未達1億元，比率需達70%；未達5,000萬者，維持60%。但財政部去年已先撤回草案。
銷售貨物或勞務收入，泛指機關團體買賣不動產、銷售產品等收入，原則上應比照一般公司行號，課徵營利事業所得稅，除非「入不敷出」，捐款等收入低於公益支出，不足支應部分才可用來抵減銷貨收入。因此，機關團體買賣不動產若有獲利，同受房地合一稅規範。
官員舉例，某財團法人2021年捐款等收入100萬，公益支出200萬，當年度出售2016年後取得的不動產獲利400萬，此時捐款不足支出的差額為100萬元，可抵減不動產獲利，剩餘300萬元應依房地合一規定課稅。
