政府為落實嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）的防疫，特別訂定租稅優惠措施，營利事業對必須請防疫隔離假的員工，仍給付其請假期間之薪資者，可享受薪資費用加倍減除之優惠，財政部南區國稅局表示，這項租稅優惠措施自109年1月15日起實施，營利事業在今年5月辦理所得稅結算申報時要特別注意適用。
南區國稅局說明，員工如為受隔離者、檢疫者或其照顧者係配合防疫需要請假，因不可歸責於雇主，原本得不給付員工請假期間之薪資，但政府為提高雇主給付薪資誘因，並使其積極參與防疫，降低傳播風險，因此訂有租稅優惠，規定雇主對員工經國內各級衛生主管機關認定接受隔離、檢疫或為照顧符合前開受隔離、檢疫之家屬而請防疫隔離假者、或依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假者，仍給付員工請假期間之薪資，得就該給付薪資金額之200%，自申報當年度所得額中減除。
該局進一步說明，本項租稅優惠薪資加倍減除之金額係為雇主給付員工請假期間之薪資金額減除政府補助款後之餘額，並以國稅局核定數為準。如已適用其他法律規定之租稅優惠（例如研究發展工作全職人員之薪資費用適用研究發展支出投資抵減優惠），就不得重覆適用薪資費用加倍減除，且可減除之金額，以減除當年度依所得稅法第24條規定計算之所得額至零為限，倘計算所得額已為負數者，不得再適用薪資費用加倍減除之規定。
國稅局另外指出，雇主要適用本項租稅優惠措施必須是員工請防疫隔離假之事由係不可歸責於雇主，且雇主仍給付員工該請假期間之薪資。舉例說明，如中央流行疫情指揮中心已宣布特定地區返臺民眾均須接受衛生主管機關「檢疫」（或隔離）後，雇主仍然指派員工前往該特定地區工作，由於雇主已可預見員工返臺後將被實施「居家檢疫」（或隔離），無法出勤，其不能提供勞務，已屬於可歸責雇主之事由，雇主除仍應照給員工接受檢疫（或隔離）期間之工資外，而且不得適用本項租稅優惠。
該局提醒，營利事業、機關或團體等申請員工防疫隔離假薪資費用加倍減除，於辦理109年度所得稅結算申報時，應檢附請假紀錄、薪資金額證明及隔離（或檢疫）相關證明文件，並依規定格式填寫申報明細表，以計算薪資加倍減除金額。
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