國稅局28日表示，我國企業若有大陸地區來源所得者，應併同台灣地區來源所得課徵所得稅，但可以持當地完稅憑證回台申請抵稅。
官員指出，台商課稅型態要看在大陸為子公司或分公司，兩者課稅形態大不同，母、子公司為不同法人之間的盈餘分派，最多只能抵10％。
但台商在陸企業若為分公司，則為同一法人，目前陸的營所稅率為25％，台灣為20％，若在陸營所稅負較高，回台報稅可免繳大陸所得的台版全額營所稅。
過去我國禁止直接投資大陸，不少台商在1990年代採用紙上公司西進投資，首先將台灣帳戶資金匯到免稅天堂地區如BVI、開曼群島等紙上公司帳戶，再轉匯到大陸子公司，獲利再透過盈餘分派方式匯到紙上公司、再匯回台灣母公司。
不過，自2002年兩岸加入WTO後，我國開放直接投資大陸，部分台商經投審會核准，採用台灣總公司、大陸分公司型態。
官員指出，若台商為台灣母公司、第三地紙上分公司、在陸子公司等三層架構，因子公司與母公司為不同法人單位，子公司在陸稅負無法抵減，台灣稅局只會認定紙上分公司在盈餘分派時被陸扣繳10％的資本利得稅。
但如果是台灣總公司、大陸分公司型態，因為皆為同一法人，我國稅局可認定在陸繳納的營所稅憑證可回台抵減台灣營所稅負。
舉例而言，若台商母公司A透過開曼紙上分公司B轉投資大陸子公司C，假設C所得為2億元全部分派給B時，必須先扣繳10％稅負、即為2千萬元，若B再分派給A，我國稅局認定A獲得股利分配2億元、按我國營所稅率20％計算，台灣營所稅負為4千萬元，但可以依照B扣繳憑證抵減2千萬元。
但如果台商總公司H是在2002年後經投審會核准，以分公司方式投資大陸，則所得為2億元的分公司在陸繳納25％營所稅，稅負為5千萬元。
台灣稅局認定H在陸所得2億元、在台營所稅負為4千萬元，但H在陸已繳5千萬元，台灣營所稅負可全額抵減。
