一般而言，公司給付應辦理扣繳所得給境內居住者時，應在給付日的下月10日前，繳納扣繳稅款，並在隔年的1月底前申報扣繳憑單，例如2020年8月10日給付，應在9月10日前繳納所代扣稅款，並在2021年1月31日前申報扣繳憑單即可。
中區國稅局表示，近期發現轄內甲公司，在2020年4月27日給付境外公司權利金共126萬元，依據適用扣繳率20%代扣稅款，並在期限內向國庫繳清，但甲公司忽略了扣繳憑單申報，以為只要在隔年1月底前申報即可，因此拖到了2021年1月25日才補報，結果被國稅局處罰。
官員表示，有不少公司支付應辦理扣繳所得給員工時，雖記得辦理扣繳，卻忘了檢視員工是否具居住者身分，導致適用錯誤的扣繳率或疏忽扣繳憑單申報期限，應特別留意。
依稅法規定，「居住者」是指在境內有住所，並經常居住在我國境內；或是雖無住所，但同一課稅年度內在境內居留滿183天，都可具居住者身分，否則就是稅法上的「非居住者」。
除了給付員工，若公司給付給國外公司或境外電商，也要記得在給付時扣繳稅款，並辦理憑單申報，報、繳期限同樣也是給付日起十日內。
如今境外電商愈來愈多，許多公司也常透過線上訂房網站為員工安排出差，若是透過境外電商訂房，支付房費時也要先扣除境外電商營所稅，並在十日內辦理扣繳憑單申報。
