在許多跨國合約當中，扣繳稅常常成為本國企業報稅的罩門，台北國稅局表示，查核實務上常發現有些企業，沒有搞清楚扣繳所得的歸屬，額外幫自身錯誤列報損失或費用，被國稅局發現剔除補稅。
官員指出，最近查核某公司107年度營所稅申報案時，發現該公司列報支付外國母公司管理服務費時，合約支付總金額900萬元。
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由於對方在我國又沒有固定的營業場所或營業代理人，因此要依規定扣繳20%所得稅款（180萬元），因而加上稅費之後，整案實際列報的成本費用為1,080萬元。
然而仔細檢查雙方合約，管理服務合約上的總金額就只有900萬元，而且是讓國外母公司負擔稅款，這間國內公司等於付完總額後，自己又多誤報180萬元費用，遭國稅局剔除補稅。
官員指出，理論上營利事業在使用外國母公司的會計系統、管理系統、控制程序等行政事務管理服務時，支付的管理服務費，其相應的扣繳稅，也應該是外國營利事業應負擔的，依《營利事業所得稅查核準則》第90條規定，不得列為國內營利事業的損失或費用。
不過就實務上而言，官員表示，很多跨國合約簽訂時，可能會要求我國企業負擔相關稅費，雙方在考量稅費成本後，重新精算合約上的總額，如此我方企業報稅時，就可以直接依照精算後的合約總額來列費。
不過，在此案例中，官員指出，雙方既然約定總額僅900萬元，提示的合約當中也未明訂要由我方負擔稅費，那麼該公司誤將扣繳稅額外列費，自然就會被國稅局剔除，雖然誠實申報並未構成罰則，但還是要補稅處理。
