財政部南區國稅局表示，綜合所得稅以家戶申報制為原則，惟夫妻若因難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，而向法院聲請宣告改用分別財產制，經獲准後，即得各自辦理結算申報及計算稅額。
該局說明，依財政部訂定「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」的規定，只有納稅義務人及其配偶適用分別財產制之原因，係因符合民法第1010條第2項「難於維持共同生活，不同居已達6個月以上」規定，而向法院聲請宣告者，方得於辦理法院宣告改用分別財產制之日所屬年度及以後年度之綜合所得稅結算申報時，檢附法院裁定書影本各自辦理結算申報及計算稅額。
該局補充說明，分居之納稅義務人及其配偶，若係依非訟事件法規定，自行檢具相關文件，向法院聲請登記以分別財產制作為夫妻財產制，則表示渠等適用分別財產制之原因，乃係出於婚姻當事人 之自由選擇，而此種情形並不符合立法者當初基於考量夫妻分居致客觀上合併辦理申報確有困難，始例外增列夫妻得各自辦理結算申報及計算稅額除書規定之用意，故仍不得分開辦理結算申報及計算稅額。
該局舉例，甲君與配偶因感情不睦分居，並各自辦理107年度綜合所得稅結算申報，渠等均於申報書勾選夫妻分居及註明屬稅法規定得各自申報及計算稅額，惟經該局以渠等不符合得各自辦理申報規定為由，乃將夫妻各自申報資料合併計算稅額後分別開單補稅。甲君不服，申請復查主張其已於105年向法院聲請分開財產制且確實分居，故應得與配偶分開辦理結算申報。經該局復查審理後，認為渠等改用分別財產制之原因，乃係檢附夫妻財產制契約共同向法院提出聲請，並非因符合民法第1010條第2項「難於維持共同生活，不同居已達6個月以上」之規定，由夫妻一方向法院聲請宣告改用所致，故原核定並無違誤，乃駁回甲君之復查申請，甲君未提起訴願，而告確定。
該局提醒，分居之納稅義務人及其配偶，若符合得各自辦理綜合所得稅結算申報之規定，請記得要於申報時一併檢附相關證明文件，以供國稅局審查。民眾如有稅務疑義，可就近向國稅局洽詢，或於上班時間撥打免費服務電話0800－000321，將有專人為您詳細解說。

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