財政部台北國稅局表示，若雇主在2021年於員工防疫隔離假、防疫照顧假、疫苗接種假等期間給付薪資，2022年5月報稅時可申請適用加倍減除優惠，惟該筆薪資需減除政府補助款後，才能依200％金額抵稅。
依紓困振興特別條例第4條規定，若雇主未獲政府補助，並在員工三種防疫假期間照常給薪，雇主隔年5月申報營所稅時可額外減稅一倍。
2021年5月中到7月底為台灣本土疫情嚴峻時期，若有給付員工防疫隔離假薪資的雇主，可在今年報稅適用其加倍減除優惠。
按紓困條例規定，員工因集中（居家）檢疫隔離或照顧生活不能自理的隔離親屬，可向公司申請「防疫隔離假」。另員工家屬因疫情停課，托嬰、托育及早期療育機構等停止收托，社區式長照機構及身心障礙者日間照顧暫停服務等，導致員工須請假照顧家屬，也可向公司申請「防疫照顧假」。至於公司自2021年5月5日起提供員工一天假期接種疫苗，則屬「疫苗接種假」。
為提高雇主給付三大防疫假薪資誘因，台灣自2020年起提供薪資加倍減除優惠，只要雇主提出員工請假證明、薪資計算明細表等文件，國稅局將依證明核准加倍減稅。
但官員也提醒，在計算所得時，如果企業有獲得補助，必須從薪資加倍減除優惠額度中先行扣除政府補助款，剩下額度才能拿來抵減企業的所得額。
舉例來說，A公司2021年度所得額為100萬元（已扣除員工非防疫假期間的薪資），獲政府補助款10萬元，當年度也有給付十位員工防疫假薪資合計10萬元。
在加倍減除優惠下，防疫假薪資減稅額度加成計算為20萬元，減除補助款10萬元，剩下10萬元可用來減除所得額，A企業2021年度計稅的營利事業所得淨額為90萬元，營所稅負為18萬元（90萬*20％）。
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