公司辦理減資時，除以現金方式退還股款給股東外，也可能以持有其他公司股票抵充股款，台北國稅局提醒，公司若以簽證發行股票抵充股款數額，與原取得股票時成本產生價差，記得列報證券交易損益，並列入公司的基本所得額（最低稅負）課稅。
近年不少企業辦理減資，多數企業發還現金給股東，不過也有實際案例，減資公司選擇將持有的其他公司股票發給股東，抵充股款。
國稅局官員表示，對股東而言，收到股票仍為股本退還，無所得稅課稅問題；但對減資公司而言，是屬轉讓其他公司股票給股東，以相當價值抵償應退還股款，公司所持有其他公司股票，屬於資產中的有價證券投資，依《所得稅法》規定，其估價以轉讓資產的時價或實際成交價格為準。
官員解釋，根據營所稅查核準則及相關解釋令，公司若增資，認股股東以持有其他公司股票，抵繳認股股款的金額超過其取得成本部分，認定屬於證券交易所得，同一法理，減資公司以股票充抵股款，價差也應視為證券交易損益。
簡而言之，抵繳退還股款金額超過公司取得股票成本部分，屬證券交易所得，目前停徵證所稅，但對營利事業而言，仍須計入基本所得額課稅；若為損失，則自發生年度次年度五年內，從當年度停徵所得稅的證券及期貨交易所得中減除。
官員舉例，甲公司實收資本額1億元，流通在外股數1,000萬股（每股面額10元），其唯一股東為乙公司。
甲公司在2021年6月經全體董事決議減資2,000萬元，並以其所持有的國內丙公司股票150萬股作價抵充退還股款。而甲公司取得丙公司股票原始成本為1,500萬元，與作價抵充退還股款金額2,000萬元，兩者之間價差500萬元，屬證交所得，應依所得基本稅額條例規定，計入甲公司的基本所得額課稅。
國稅局呼籲，公司辦理減資，以持有其他公司經簽證發行的股票抵充應退還股東股款，應依相關稅法規定，正確計算證券交易損益列報基本所得額，以免因短漏報所得遭補稅處罰。
