《生技新藥產業發展條例》即將於2021年12月31日落日，為了鼓勵生醫產業持續發展，經濟部預告新版的修正草案，並將條例名稱改為《生技醫藥產業發展條例》，也把適用期間再延長十年到2031年底，而在觀察、分析後，現行規定與預告草案的差異如下。
對於研究發展與人才培訓的投資抵減，本次修正草案說明，因為多數生技醫藥公司，尚無應納稅額可適用這項投資抵減，留存的可抵減金額相當多，因此草案將研發支出與人才培訓支出的抵減率，一律從35%，微幅調降為30%。
此外，本次草案也取消「超過前兩年度平均數部分，可適用50%抵減率」的優惠。不過這項投資抵減的適用，是「自有應納營所稅年度」起五年內抵減，簡言之，是從生技公司將前十年虧損扣抵使用完畢後有應納稅額的年度開始使用，故應該沒有留存年限的時效，因此建議仍應維持現行抵減率的規定，以符合獎勵生技產業研發升級的政策意旨。
本次預告的草案新增之處，個人股東以現金投資生技公司，如果符合相關規定，得於投資金額的50%限度內，自綜合所得總額中減除，而且「無抵減金額上限」。這規定與《產業創新條例》第23之2的天使投資人租稅優惠類似，不過產創條例有「減除限額300萬元」的限制。
而因為草案也同時新增同一事項，不得重複享有租稅優惠的規定，建議個人投資者，應慎選有利的租稅優惠來適用，如果是從抵減金額來看，生技條例修正草案給予的無抵減限額，會比「產創條例」還要優惠。另外也要注意此項新制何時開始適用，是否等新版的生技條例生效時（目前預計2022年1月1日）才適用。
不僅如此，本次的修正草案，有比照「產創條例」的員工獎酬及技術入股孰低緩課精神，增列了公司高階專業人員及技術投資人持股達兩年者，在轉讓時，可按轉讓價格與取得股票價格（技術入股）/取得或可處分日的時價（認股權），來二者孰低課稅。
而且，針對要適用前述孰低課稅優惠的公司高階專業人員，修正草案並未要求在公司須服務滿兩年的限制。而所謂高階專業人員，是指具備生技醫藥相關專業，並且擔任公司執行長，或經理人以上職務的人員；另外，技術投資人可舉證主張相關成本，列為所得減項，若無法舉證，則以轉讓價格的30%來計算成本。
這次的修正草案，也增列生技新藥公司，若在最近三年因嚴重違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律，而且情節重大者，就不得適用本條例的獎勵、補助或租稅優惠。
適用的資格限定，原本是列於「生技新藥公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」的申請要件內，在此次的修正，則是列入母法，以擴大適用於所有的獎勵、補助或租稅優惠。（本文由資誠聯合會計師事務所稅務法律服務會計師林巨峯口述）
