水庫型大型水力發電為綠電但非法定獎勵對象所有水庫一視同仁
經濟部指出，再生能源發展條例立法之初，即考量獎勵補助對象應以符合永續發展利用為原則，基於避免河川生態環境遭到較大規模的破壞，限定水力發電以未達2萬瓩者等小水力發電作為獎勵補助對象，避免大規模水庫式發電之建置，因此全台所有的水庫型水力發電，都不是再生能源發展條例要獎勵對象，並非單獨排除翡翠水庫。
經濟部指出，至於已與電業簽訂購售電契約者，其設備產生電能仍依原訂費率躉購，翡翠水庫也屬此種情形，仍維持原訂費率。此外，水庫發電本來就是再生能源，但基於環境生態等永續發展考量下，立法之初即未被納入再生能源發展條例要獎勵的對象，即不適用小水力發電4~5元的躉購價格，不宜以不同樣態及生態影響來比較。至於翡管局認為台電收取民眾家戶電費，每度約4、5元等看法，與目前平均售電價格來看並非事實。
經濟部能源局表示，今(112)年6月21日修正之「再生能源發展條例」，主要係在確保水利設施等相關場域原有功能，以及保護生態環境之前提下，納入水道、圳路、管渠或其他水力用水以外之水利建造物作為設置區位，可於建造或改造過程中及早兼作規劃，並以直接或另設旁通水路的方式設置小水力發電，適度鼓勵水利設施多元利用，穩健推動小水力發電設置。
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