母公司若持有子公司股權達九成以上，可一併申報子母公司的未分配盈餘稅並適用實質投資優惠。財政部近日發布函釋指出，當子母公司依法合併申報，若適用母公司的實質投資優惠時，可分攤計算個別優惠額度，以利抵減未分配盈餘稅。
依金融控股公司法第49條、企業併購法第45條規定，當金控或企業母公司持有台企子公司股權達九成以上時，等同自成一體，可以由母公司幫該類子公司合併申報營所稅與未分配盈餘稅，即為「連結稅制」。
另按照財政部2020年5月函釋，當子公司、母公司都有做實質投資時，像是金控母公司、銀行子公司都有出資購買新興金融科技的技術專利以做使用，此時可依照其子母公司淨利推算個別的未分配盈餘以適用實質投資減除優惠。
然而，近期有不少母公司購買集團大樓以供子母公司進駐使用，因為子公司並未出資，依照過去2020年函釋，子公司雖然跟母公司綁在一起報稅，卻無法適用實質投資抵稅優惠。
為提供解套方案，財政部官員指出，本次新函釋顯示，即使是母公司全額出資購買集團總部大樓，適用連結稅制的子公司可依使用面積為分攤基準，個別計算其抵稅額度。
舉例來說，母公司A在北市信義區花費4億元購買一棟集團總部20層大樓，其中有10層為母公司使用、5層為連結稅制子公司B使用，剩下則出租。依2020年舊函釋，B未出資而無法適用實質投資優惠，但本次函釋施行後，B可依照其使用面積設算實質投資金額，即為1億元（4億元*5/20），可列入未分配盈餘抵稅額。
但官員也表示，2020年與本次函釋皆限定為連結稅制子公司，若為其他子公司或關係企業則無法適用。
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