財政部南區國稅局表示，政府為鼓勵企業研發創新，提升國際競爭力，對於研究發展支出，訂有租稅減免之獎勵規定，如符合產業創新條例規定，可就當年度研究發展支出金額15%限度內抵減當年度應納營利事業所得稅額，或按研究發展支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，二種方式擇一適用，抵減金額均以不超過當年度應納稅額30%為限。
該局進一步說明，依「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」及「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」之租稅減免獎勵規定，適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款及研究發展單位產生之收入，該等補助及收入除了在營利事業所得稅結算申報時列報收入外，應自申請租稅獎勵之研究發展支出中減除。
該局舉例說明，某公司108年度列報研究發展支出1,000萬元申請適用當年度研發投資抵減稅額，該公司當年度有取得經濟部給付研究發展計畫補助款500萬元及出售專供研發各項物品收入100萬元，除應列報為其他收入外，該等補助及收入應自研究發展支出中減除，因此，適用投資抵減之研究發展支出只有400萬元(1,000萬元﹣500萬元﹣100萬元)，可抵減當年度營利事業所得稅額為60萬元。
該局提醒，營利事業列報適用投資抵減之研究發展支出時，須注意相關規定，以免遭國稅局剔除補稅，影響自身權益。
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