近來理財風氣盛行，營利事業為妥善運用資金，利用閒置資金向金融機構申購境外基金作為投資，應特別注意，營利事業處分境外基金的所得，應與國內的營利事業所得合併申報課徵營利事業所得稅，不適用所得稅法第4條之1有關證券交易所得停止課徵所得稅的規定。
南區國稅局表示，以基金公司的註冊地來區分，可分為境內基金及境外基金，境內基金指的是基金的發行公司在國內登記註冊的基金，處分境內基金所發生的利得，屬證券交易所得，可依所得稅法第4條之1規定，於證券交易所得停徵所得稅期間，免徵營利事業所得稅，但是應申報營利事業所得基本稅額；而境外基金，係指基金的發行公司註冊地在我國以外的地區，由國外基金公司所發行，並經金融監督管理委員會證券期貨局核准在國內銷售的基金，營利事業處分境外基金的所得，屬於境外投資所得，並不屬於證券交易所得停徵所得稅的範疇，應依所得稅法第3條第2項規定併計營利事業所得額申報納稅。
該局特別提醒，營利事業除了處分境外基金之利得應課徵所得稅外，舉凡境外基金配發孳息、基金轉換（即申請買回原基金後再申購新基金）等交易認列之收益，亦屬營利事業境外所得，應併計營利事業所得額課稅。營利事業於申報處分基金利得時，若無法區別境內外基金，可逕洽基金申購單位或上網至基金資訊觀測站（網址https://announce.fundclear.com.tw）查詢，以避免申報錯誤。

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