財政部指出，依照企業併購法規定，所謂併購可分為合併、分割、收購等三種，但如果被併購公司適用租稅優惠像是促參案件免課營所稅、投資抵減等，只要仍符合適用條件，可獨立計算其所得額以適用優惠、權益不打折。至於被併購公司的虧損扣除額度，則須依股權比例計算適用。
促參法規定，若民間企業參與促參重大公共建設案，自開始營運且有課稅所得、可享有五年免課營所稅優惠。另外，產創條例則規定企業可申請適用研發投資抵減優惠，企業可選擇在支出金額15％限度內抵減當年度營所稅額，或是在支出金額10％限度內、三年內抵減各年度營所稅額。
不過，按企併法第42條規定，適用促參獎勵或投抵優惠企業被併購後，必須個別計算其獨立收入，像促參案是綁定投資計畫，所以公司即使被併購，仍以該團隊後續參與促參案件的收入為減免營所稅範圍。
舉例來說，A公司參與促參重大公共建設案件、每年所得為800萬元，假設A公司在第二年被B企業併購、仍維持既有營運團隊，後續還有三年的免稅優惠，B企業在申報營所稅時，仍有三年可按每年800萬元額度減免所得稅。
雖然我國被併購企業的投資抵減、租稅優惠皆綁定研發或投資計畫，可獨立計算所得再減稅，但被併購企業的十年內虧損扣額度必須依所得稅法規定、按併購後的股份比例計算。舉例來說，若A被B併購，公司股東以100％的A公司股權換得10％的B公司股份，假設原本A企業有100萬元虧損扣除額度，也必須按10％比例轉換為B的虧損扣除額度、即為10萬元。
過去部分會計師主張虧損扣除也應該要比照投資抵減，獨立計算並全額適用。財政部指出，投抵或促參優惠皆屬於綁定投資案，當適用投資要件消滅時也會一併取消優惠、較無爭議。
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