國稅局20日指出，營利事業投資境內外基金有差異，如果是投資境內基金獲益、屬於所得稅法定義的證券交易所得範圍，而目前我國停徵證券交易所得稅、因此免稅。但如果營利事業是投資境外基金獲利，則屬於境外投資所得，無法享有免稅優惠。

基金投資依註冊地不同，可分為境內基金及境外基金兩種，境內基金為國內登記註冊並發行之基金，最知名的莫過於元大台灣卓越50基金（0050）或元大寶來台灣高股息證券投資信託基金（0056）。

官員指出，企業處分境內基金的利得屬於證券交易所得，在證券交易所得停徵期間免課稅，但企業必須留意基本稅額情況。依照我國所得稅法規定，若企業有證券及期貨交易所得、獎勵規定的免稅所得、國際金融分行免稅所得、中小企業發展條例的薪資費用加成減除金額、產業創新條例研發投抵等五種免稅所得，需按照12％計算為基本稅額。

如果基本稅負大於企業應繳的營所稅，那企業報稅時必須繳納基本稅額。若營所稅仍大於基本稅負，則企業就申報營所稅即可，但必須要在申報時詳細列出整體基本稅負計算方式，否則仍會被國稅局要求更正申報。