依規定營業人當期銷項稅額扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額；也就是說，如果營業人未正確申報而多報進項稅額，將造成當期應納營業稅額少報或多退營業稅額情形，除補徵稅款外，也會遭受處罰。
財政部南區國稅局日前查獲轄內營業人甲公司於110年9月間進貨取得應稅統一發票2張，金額計1,000,000元，後來因故作廢，甲公司於110年11月初申報營業稅時，卻疏忽誤將該已作廢之統一發票申報扣抵，因而虛報當期進項稅額50,000元，致逃漏營業稅額50,000元，甲公司除被補徵稅款50,000元外，並遭處按所漏稅額處0.5倍罰鍰25,000元。
該局說明，營業人常見申報進項稅額錯誤態樣有：1.重複申報2.作廢發票提出扣抵3.誤將其他公司行號之進項憑證申報扣抵4.漏未申報因進貨退出(折讓)而收回之稅額5.誤將不得扣抵之進項憑證申報扣抵6.登打錯誤等。因此該局特別提醒，營業人於每期營業稅申報時，應審慎檢視當期進項稅額是否有前述錯誤情況，如於申報後有發現錯誤，可在未經檢舉及稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，儘速自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款，千萬不要因一時疏忽而遭受處罰。

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