針對採用直接扣抵法的兼營營業人，中區國稅局表示，要注意像是股票投資顧問費等支出，要明確歸屬在免稅股利收入項下，不可以誤列為應稅進項。
對許多兼營營業人而言，如果每一筆進項都去區分專供應稅、專供免稅等用途，申報營業稅的行政成本就很累人，因此許多兼營營業人會選擇比例扣抵法，用銷項的免稅比例，推估進項的不得扣抵比例。官員表示，如果營業人因為投資，拿到一大筆股利收入，當期的免稅營業額比例就會很高，採比例扣抵法，會導致不少進項不能節稅，因此這類營業人會改採直接扣抵法申報營業稅。
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要想改成直接扣抵法，官員表示，依據《兼營營業人營業稅額計算辦法》第8-1條規定，必須帳簿完備、可以明確區分每一筆進項用途，而且一經更改後，必須維持三年都採直接扣抵法申報。
