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房地合一稅上路多年，特別針對曾在台灣賣地獲利的外商公司，要特別留意二大特殊規定，首先就稅率方面，國稅局將會依房地持有時間，以最重的45％及35％標準課稅；其次，即便外商直接出售股份來移轉名下不動產，這種交易被國稅局抓到，也會視為房地交易所得，要課房地合一重稅。

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房地合一稅從2016年1月1日起上路，近幾年個人買賣房屋獲利，依據持有的年數，會分成四種級距，課徵15%、20%、35%或45%所得稅。

國稅局官員表示，然而依據《所得稅法》第24-5條規定，外商在台灣境內所設的分公司，如果名下的不動產適用房地合一新制，交易不動產所得要適用特別稅率：持有期間在一年以內者，稅率為45%；持有期間超過一年以上者，稅率為35%。

換句話說，外商分公司買賣不動產所課徵的房地合一稅，跟一般個人的四級稅率類似，但是只取最高二個級距課稅，即便持有房地期間超過二年，依然要課35%房地合一稅。

官員說明，由於可能會有外國的投資客，透過直接買公司的方式，來達到取得或出售不動產的目的，官員特別提醒，依據所得稅法同一條規定，當外商交易持股過半的海外公司股權，但是這間海外公司的股權價值有50%以上是由台灣境內的不動產構成，那這筆海外股權交易，對台灣的國稅局而言，也會視為房地合一稅的課稅對象，同樣要以股權交易所得額來計算課徵房地合一稅。

官員表示，這項規定主要是針對外商分公司而訂，或是在台灣沒有營業場所，平常是透過物流業者、會計師事務所代理報稅的外商，也同樣適用。

官員說，若是外商來台設立的子公司，就算是獨立個體，課稅方式就會視為國內企業，不動產交易所得直接併入營所稅，依20%稅率課稅。