財政部臺北國稅局表示，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，依所得稅法第39條規定，得將經稽徵機關核定之前10年虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
　　該局進一步說明，公司當年度如經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣(下同)10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免認定為會計帳冊簿據不完備，仍可適用虧損扣除之規定。另如係公司自行發現錯誤，並已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報及補繳者，其短漏所得稅稅額不超過20萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過10%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，亦可適用虧損扣除之規定。
　　該局舉例，甲公司108年度營利事業所得稅結算申報案件委託會計師查核簽證，原申報全年所得額800萬元，並列報前10年虧損扣除額600萬元（虧損年度均無短漏報所得情事），課稅所得額為200萬元。嗣108年度經稽徵機關查獲短漏報所得額45萬元，因短漏稅額為9萬元（45萬元×稅率20%），未超過10萬元，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐，得視為短漏報情節輕微，免認定為會計帳冊簿據不完備，仍可適用虧損扣除之規定。反之，若甲公司經稽徵機關查獲短漏報所得額為85萬元，因短漏稅額為17萬元（85萬元×稅率20%）已超過10萬元，且短漏報課稅所得額占全年所得額之比例為9.60%（短漏報課稅所得額85萬元÷全年所得額885萬元×100%）亦已超過5%，即無法適用虧損扣除之規定；惟前述短漏報之所得額85萬元如符合稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳之規定，因短漏稅額為17萬元（85萬元×稅率20%），未超過20萬元，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐，則甲公司原申報之前10年虧損扣除額600萬元仍可適用盈虧互抵規定（各情況彙總如附表）。
　　該局提醒，公司平時帳務處理應如實記載，如發現有不慎短漏報所得額，應儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳所漏稅額並加計利息，除可免除處罰外，若當年度有申報適用虧損扣除，亦可適用較高之金額及比例計算是否符合短漏報情節輕微情形，請公司留意相關規定，以維自身權益。
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