今年以來台股瘋海運股，陽明、長榮、萬海股價紛紛創新高，不只散戶、投顧搶買，企業也搶進投資獲利。不過，財政部指出，若境內企業購買境內上市櫃公司股票並賺取價差，我國目前雖停徵證交所得稅，但企業證交所得仍要列入基本稅負制範圍，若營所稅較基本稅負更低，需補繳差額。
長榮集團子公司持有大量長榮股票，隨海運業迎來榮景，長榮股價飆漲至152元新高，帶動長榮子公司獲利。財政部指出，若境內企業在持有境內上市櫃公司股票三年內賣出，其證交所得需全額計入基本稅負。
營利事業若有證券與期貨交易所得、國際金融業務分行、國際保險業務、國際證券業務等所得，還有各項租稅優惠都要計入基本所得額，減除50萬元扣除額後，餘額適用12％基本稅率，即為基本稅負。
除政府公有事業、獨資合夥組織、機關團體等，還有未適用租稅減免、基本所得額低於50萬元等類型，其他營利事業只要基本稅負比營所稅負還高，則必須補繳基本稅負與營所稅負差額。
不過，為鼓勵我國企業長期投資國內證券，如果是境內企業持有境內上市櫃公司股票三年以上才出售，依所得基本稅額條例第7條規定，其證交所得以半數計入基本稅負；至於企業出售獲配的股票股利，可按面額計算成本，收入減除各項成本後，剩餘所得才計入基本稅負。
舉例來說，A公司申報2021年營所稅200萬元。但A當年度投資海運股獲利，證券交易所得約3千萬元，其中持有滿三年以上證券交易所得為1千萬元，減半計入基本所得額500萬元，而持有未滿三年證券交易所得為2千萬元全數計入。
經計算後，A基本所得額為2,500萬元，減除50萬元扣除額後，按基本稅率12％計稅，基本稅負即為294萬元，比營所稅還高，因此A除營所稅200萬元外，還要再繳差額稅款94萬元。
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