財政部國稅局表示，歷年制兼營營業人若帳簿未完備，國稅局將一律採取「比例扣抵法」方式計算其營業額，只要營業稅核課已生效，兼營營業人不能擅自再更動。即使兼營營業人帳簿完備，也只能在隔年1月15日以前申請、改用單據核實扣抵的「直接扣抵法」，且未來三年不能擅自更換扣抵方式。

《加值型及非加值型營業稅法》第19條規定，營業人若同時販賣應稅商品與免稅產品或同時銷售加值型與非加值型商品，將被視為兼營營業人，其進項稅額扣比例與計算辦法由財政部決定，但營業人可申請變更扣抵方式。

我國最常見兼營營業人多為同時販賣保貸類金融商品與一般實體的保健產品等。官員提醒，此類兼營營業人可在每年申報11～12月營業稅前（隔年1月15日）申請變更扣抵方式。

而扣抵方式依現行「兼營營業人營業稅額計算辦法」規定可分成兩種，第一為直接扣抵法，營業人帳簿須完整，而且進貨發票與收據必須明確分為應稅、免稅或共同使用，計算方式為銷售額的營業稅負依序減除進貨應稅商品營業稅額、依比例計算共同使用的進貨商品營業稅額。第二為比例扣抵法，可向國稅局申請判斷其單據，並按照扣抵比例計算可扣抵的進項稅額。