相對於公立醫療院所，台北國稅局表示，私人執業的診所，特別是醫美及牙醫診所，都是國稅局重點查核的對象，非健保給付的自費項目，即便未設帳核算成本費用，也可依部頒標準減除40%必要費用；但若業者短漏報所得，則會面臨高額補稅加罰。
官員表示，日前接到民眾反映，他到台北某間私人牙醫診所植牙，支付高額費用，診所卻不主動開立收據，懷疑執業醫師可能沒有誠實申報收入，並提出檢舉。
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後來國稅局依據檢舉人提供的事證查核後發現，台北該診所確實在多個年度間，皆有大筆未依規定列報的執行業務收入，該名執業醫師更涉及鉅額短漏報所得的情形。
根據調查，在2017年至2019年間，該牙醫診所每年都在推廣植牙及製作活動假牙的自費項目，官員表示，雖然該診所每年都有申報全民健保相關收入，以及部分自費項目收入，但實際上其自費收入卻比申報額高出好幾倍。
又由於診所未依法設帳、記載並保存憑證，國稅局最後是以查獲漏報的總收入，按財政部頒訂的費用標準，減除40%必要費用，核算餘額為所得額，最後此案最後依《所得稅法》第110條規定，向執業醫師補稅並加罰，總金額逾500萬元。
官員表示，這類短漏報情形，在公立醫療院所不太常見，卻常發生在私人診所，特別是醫美、牙醫等，自費項目較多的私人診所，都是國稅局重點查核的對象。
國稅局強調，與全民健康保險相關的收入，對一般診所而言，通常包括部分負擔及掛號費收入；但是其餘自費項目等，譬如病患植牙，並非全民健保給付項目，而是病患自費項目，醫藥費一年就可能高達上千萬元。
官員建議，一般看診民眾若有進行自費項目，可以主動向診所索取收據，除了可讓診所誠實申報所得，個人也可以作為列舉扣除額，抵減每年應稅所得。
