跨國企業在海外繳稅，雖然回台申報營所稅時，可以扣抵部分稅額，但仍有兩項規定需要留意，北區國稅局表示，首先，在台扣抵額度設有上限；其次，若境外收入來自我國租稅協定國，如果在當地忘記申請優惠，導致在當地多繳到稅，回台也不能扣抵。
許多台商都有經營跨國業務，若因此獲得海外來源所得，官員指出，依《所得稅法》第3條規定，雖然境內外全部所得都要課稅，但是來自境外的所得，如果已經依所得來源國稅法規定，繳納過所得稅，可以抵減在台灣應課的營所稅。
官員指出，在大多數的情況中，可以扣抵的上限，最高不得超過因加計該筆國外所得，而依國內適用稅率計算，所增加的應納營所稅額。
不過還是有例外的情形，會讓能夠扣抵的上限更加限縮，官員表示，假設台商是在我國的租稅協定國做生意，可能會受惠於租稅協定，因而在當地享部分所得免稅，或是訂有上限稅率，比一般稅制更划算。
官員表示，在這種情形中，既然企業已可在當地享有租稅優惠，回到台灣就不會再給予重複的優惠，《適用所得稅協定查核準則》第26條當中也明訂，如果可以適用所得稅協定，卻未申請適用，因而溢繳的國外稅額，將不可回台申報扣抵。
官員舉例說，近來查核2019年度營所稅申報案時，發現有間公司在日本有大筆股權投資，當年度收到股利收入達200萬元，且已於日本繳納40.8萬元所得稅，在一般情形下，依我國營所稅率換算，理論上申報營所稅時，可以抵減40萬元稅額。
但由於我國跟日本之間簽有台日租稅協定，而且已經生效適用，台日之間針對股利扣繳的上限稅率為10%，因此日本理論上只會課徵20萬元公司稅，該公司因為沒有申請優惠，不慎在當地多繳了20.8萬元所得稅。
官員表示，基於稅法規定，這間公司在當地多繳的部分，不能回台抵減營所稅；至於怎麼爭取自身合法權益？建議業者盡快向國稅局申請我國稅務居民證明，依租稅協定向日本申請退稅。
