為防堵總統專機私菸案重演，財政部關務署要求保稅倉庫業者要在2021年7月10日之前（條文施行日起六個月內）建置保稅倉庫電子化帳務系統，提供海關遠端稽核，若未設置每次最高裁罰3萬元、裁罰次數無上限，涉及累犯則勒令廢止貨物登記。
我國2019年中爆發總統專機私菸案，總統府侍衛官利用職務之便進行香菸走私，涉及近萬條菸品，規避菸稅與菸捐約587萬元，除8人涉犯貪污治罪條例遭起訴，其餘國安局人員共104人獲緩起訴。
為有效控管保稅倉庫業者、強化管理國際航線飛機用品，財政部關務署11日修正發布「保稅倉庫設立及管理辦法」，自2021年7月起，若保倉業者涉及國際航線飛機用品，包括長榮、華膳、復興等廠商，其貨品經海關放行後要全數列入電子化帳務系統管理。
官員指出，原本我國只有保稅貨物出口到海外才要用電子系統申報，但私菸案起因於尚未出口的保稅倉庫，因此海關要求業者電子系統要擴及到「已放行但還沒放上飛機的貨品」，而且業者必須將電子帳務權限開放給海關做稽查，等於是保稅貨品「全都露」。若業者未建置電子系統且遭查獲三次以上，海關可勒令廢止保稅貨物登記。
除電子帳務規定外，保稅倉庫辦法也增訂兩大要點，包括保稅倉庫人員限制、退場機制。自即日起，保稅倉庫業者需填寫自行審查表，而且保倉人員至少要兩名以上正職人員、且其中一位為主管級人員，未來若涉及不法行為將直接究責。
海關本次修正辦法也增保稅倉庫退場機制，過去退場須等業者主動提出申請，但近年來有業者停業多年卻不退場，海關另訂新規定，若保稅倉庫已停業兩年，經通知一個月內仍未復業、進儲貨物或提合理說明，海關可直接公告廢止營運。
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