財政部北區國稅局表示，依產業創新條例第10條及公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱辦法）規定，最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業，得就其從事研究發展之支出申請適用投資抵減，且應在辦理當年度營利事業所得稅結算申報開始前3個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關提出研究發展活動及專案認定之申請，並在辦理當年度結算申報時，依規定格式填報及檢附相關文件，送請公司或有限合夥事業所在地國稅局核定其投資抵減稅額，以符合程序要件。
該局進一步指出，為協助營利事業正確適用該項投資抵減優惠，特別整理列報較常見三大錯誤態樣，加強提醒，避免遭剔除補稅：
(一)依辦法第11條第2項規定，公司或有限合夥事業從事研究發展之支出抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，擇定按支出金額15% 抵減當年度應納營利事業所得稅額，或按支出金額10%自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。舉例說明，該局轄內甲公司已於申報時擇定按支出金額15% 抵減當年度應納營利事業所得稅額，惟於申報期間屆滿後更正改按支出金額10% 自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，核與前揭規定不符，甲公司仍應按申報時擇定之抵減率15% 適用投資抵減。
(二)依辦法第13條規定，公司或有限合夥事業適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內。舉例說明，該局轄內乙公司因研究發展支出向各級政府機構申請並取得研究補助款，惟未自研究發展支出中減除，核與前揭規定不符，經該局調減該項政府補助款並計算得適用投資抵減稅額。
(三)依辦法第5條第2項規定，公司或有限合夥事業列報專用於研究發展所購置之專用技術、專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用，應向中央目的事業主管機關提出專案認定，始得認列為研究發展支出。舉例說明，該局轄內丙公司列報專用於研究發展所購置之專用技術，漏未向經濟部工業局提出專案認定申請，與前揭規定不符，經該局否准該項專用技術支出適用投資抵減。
該局特別提醒，今(112)年5月辦理111年度營利事業所得稅結算申報時，營利事業若要適用該項研發投資抵減租稅優惠，必須於今年2月1日至5月31日間向中央目的事業主管機關提出申請，並多留意相關規定，慎防錯誤，以免權益受損。如仍有不明瞭之處，歡迎至該局網站(https://www.ntbna.gov.tw)查詢相關法令或利用免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細諮詢服務。
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