台商從事跨國投資很常見，根據《所得稅法》第3條規定，凡營利事業總機構在我國境內者，申報營所稅時，申報範圍應包括境內、境外的營利所得，在台灣合併申報計徵營所稅。
然而各國所得稅的規定不同，官員表示，所得稅法也規定，台商拿海外納稅證明抵減我國營所稅時，首先要注意的就是扣抵上限，可扣抵的金額，以國外所得依我國營所稅率20%計算，而產生的應納稅額為上限。
除稅率之外，第二個重點在於計算範圍，特別對於跨多個營業的台商企業而言，應按「全部國外所得」計算抵減上限，而不是按個別國家來源所得計算其可扣抵數。
官員指出，假設一間台商企業除了台灣之外，還在A國、B國分別設有營業據點，若同一年度在A國有賺錢、B國虧錢，在申報營所稅時，就不能只主張以A國來源所得、已納稅額抵稅，還要記得從海外所得當中，把在B國虧的錢減除，藉此計算可抵減的營所稅額。
舉例來說，台灣的甲公司前年一共從A國子公司獲配1,880萬元股利；同一年也賣掉B國的另一間子公司，帳上有認列股權投資損失為1,938萬元。
官員強調，甲公司申報當年度營所稅時，必須將A、B在兩國的投資合併計算，結果當年在海外不賺反虧，因此當A國子公司匯出股利時，曾被扣繳188萬元所得稅額，在台灣就一毛錢都不能抵稅。
