很多小商號是由老闆個人獨資經營，不過隨著經營模式改變，要留意稅務申報的規定，台北國稅局表示，如果是頂讓等情況，原有商號必須進行決算及清算申報；而若是由獨資組織轉為合夥組織，過程中就只要辦理變更登記即可，原有的商號組織不必清算。
官員表示，依《所得稅法》第75條規定，營利事業在解散、廢止、合併或轉讓時，要在45日內辦理最後一期決算申報，隨著再進行資產清算，清算期間產生的清算所得，應於清算結束日起30日內，辦理清算申報。
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在比較常見的頂讓情況中，官員表示，如果獨資組織營利事業變更負責人，就代表原負責人要將自有獨資事業的全部資產、負債，移轉給新負責人，合乎所得稅法所定義的「轉讓」，應辦理當期決算及清算申報。
不過若是獨資轉為合夥，情況又不太一樣，官員表示，獨資商號因第二人以上出資入夥，而改組為合夥組織，經主管機關依《商業登記法》規定核准變更登記，可以不必辦理當期決算及清算申報。
值得注意的是，在另一種相反的情況中，官員表示，如果是合夥組織的商號，雖然沒有頂讓，但是卻面臨合夥人退夥，導致合夥人只剩一人的情況，就不再是合夥組織了，原有的合夥組織必須依法解散、辦理註銷登記。
官員表示，在最後這種樣態當中，就稅務申報的規定而言，因為合夥組織註銷了，也就必須要辦理當期決算申報，以及後續的清算申報。
