企業常以進項發票抵減營業稅，但有二種違章情形經常發生，台北國稅局指出，第一種是誤報不得抵稅的進項；另一種是針對進行海外採購的企業，如果在海關有「高價低報」的情形，也會因而喪失原有的進項節稅權利。
官員舉例，像企業購買公司車誤報進項，就是很常見的錯誤，依據《加值型及非加值型營業稅法》第19條規定，「自用乘人小汽車」並不能申報進項稅額，因此若是採購可供載貨的客貨兩用車，或許可能是合法進項，但像常常有企業高層採購僅能客用的「黑頭車」，即便是為公司業務使用，也不能報進項稅額。
官員表示，除了乘人小汽車之外，還有像是未妥善保存憑證、交際應酬相關支出、酬勞員工支出、非供本業及附屬業務的採購等，也都不能申報進項抵稅。
官員指出，虛報進項的情況中，原本相關進項就是不能抵稅的，但營業稅法施行細則還有一項特別的規定，特別針對營業人進口貨物時，若海關查獲業者高價低報進口貨物完稅價格，或符合以上各類違章情形，將不得申報進項稅額。
官員表示，部分業者進口貨物報關時，常會故意高價低報，譬如進口一批零組件時，原始完稅價格約為100萬元，但是低報為80萬元，藉此壓低報關稅費。
官員表示，這類高價低報案件若經海關查獲，並認定為違章案件，首先海關將發單補徵所漏營業稅款，再來，海關還會在收據聯及扣抵聯上加註「此為違章案件稅單，營業人不得列入扣抵銷項稅額，以免受罰」等字樣，這筆進項憑證也就因此失去抵減權利。
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