財政部北區國稅局表示，近年許多企業因受嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情影響，致營業收入驟減而產生虧損，依所得稅法第39條但書規定，公司組織之營利事業會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。但當年度結算申報如有漏報營業收入等違章情形，除屬「情節輕微」者外，將不符合會計帳冊簿據完備要件，不得就以往年度核定虧損申報扣抵。所謂「情節輕微」必須非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐，且符合下列情形之一者：
1.已被查獲：扣抵年度之短漏所得稅稅額不超過10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%；虧損年度之短漏所得額，按當年度適用營利事業所得稅稅率計算之金額不超過10萬元或短漏報所得額占全年核定可供以後年度扣除虧損金額之比例不超過5%。
2.尚未被查獲：已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報，其短漏報情節輕微之適用標準，依第1點金額或比例加倍計算。
該局舉例說明，甲公司109年度營利事業所得稅結算申報列報前十年核定虧損本年度扣除額100萬元，惟查其所涉103年度（虧損年度）短漏開統一發票，致生短漏所得額80萬元，依虧損年度適用之營利事業所得稅稅率計算稅額13.6萬元（80萬元×17%），已超過10萬元，且短漏報所得額80萬元占全年核定可供以後年度扣除虧損金額600萬元之比率13.33%（80萬元÷600萬元），亦超過5%，不符合會計帳冊簿據完備要件，致不得適用盈虧互抵。甲公司不服，申經復查及提起訴願均遭駁回，循序提起行政訴訟，案經最高行政法院上訴駁回確定在案。
該局提醒，營利事業欲適用盈虧互抵，應注意符合所得稅法規定適用要件，以免因不符合規定而遭補稅及加計利息。如有任何疑問，歡迎利用免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠為您服務。
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