每年申報營所稅時，如果涉及中國大陸來源所得，要留意三個重點，台北國稅局表示，第一，以海外公司轉投資大陸，因而繳納的大陸所得稅，也可申報扣抵國內營所稅；第二，若要申報扣抵，要留意扣抵額度限制；第三，投資收益要按照權責發生年度來認列。
官員表示，囿於早期法規限制，許多台商投資大陸，要透過第三地區公司進行轉投資，依據《台灣地區與大陸地區人民關係條例》第24條規定，如果該項投資經主管機關許可，台商依《所得稅法》規定列報第三地公司或事業的投資收益時，其將轉投資大陸的收益，視為大陸地區來源所得。
如果在轉投資的過程中，該筆投資收益曾被大陸或第三地政府課徵所得稅，官員表示，台商在台灣申報所得稅時，可以運用海外已繳的稅額，扣抵台灣的應納稅額。
官員強調，無論是申報扣抵大陸地區或第三地的已納稅額，都要留意扣抵上限的規定，不得超過因加計大陸地區來源所得，而依台灣地區適用稅率計算，而增加的應納稅額。
舉例而言，假設台灣某成衣業者在大陸投資，成立當地子公司並設置紡織廠，若去年獲配1,000萬元盈餘，依去年度20%營所稅率計算，最高能抵減的稅額上限，就是200萬元，超過的部分不能抵減。
特別針對台商以第三地轉投資大陸的樣態，官員表示，由於台灣母公司拿到的收益，大多屬於投資收益，所以列報時也要留意《營利事業所得稅查核準則》第30條的相關規定，也就是要按權責發生年度，認列海外投資收益。
同樣用前述的成衣業者為例，假設業者在開曼群島另有間控股公司，以100%轉投資大陸子公司，子公司不僅長年在大陸繳稅，去年分配1,000萬元盈餘給開曼控股公司時，也被大陸扣繳10%股利所得稅（100萬元）。
官員表示，台灣母公司若在同年度獲配控股公司分回的全額投資收益，列報100萬元大陸已納稅額，扣抵營所稅，這是沒有問題的；但若想同時列報扣抵往年已在大陸地區繳納的所得稅，這方面就不見得合乎稅法規定。
