財政部國稅局指出，獨資商號並無法律上獨立人格，對外雖以商號名義營業，但負責人才是權利義務主體，所以獨資商號若欠稅，將會優先連結個人綜所稅，例如獨資商號負責人的綜所稅還有退稅時，將優先抵繳獨資商號欠稅款。
依照財政部1992、1997年台財稅第861894479號、第810793295號函釋，因獨資商號僅為一人組織，負責人需承擔所有權利義務，若商號有違法情況，法律上是直接追究違法情況時的負責人，並非以組織為主體，因此不會影響其他負責人。
在稅法上，獨資商號也與個人稅負連結，如獨資商號或個人綜所稅欠稅時，若商號或是綜所稅尚有退稅款，國稅局將直接抵繳稅負。官員也指出，同一個獨資商號歷任負責人都是個別主體，即使變更負責人也是各人造業各人擔，後一位負責人不需承受前一位負責人的違法或是欠稅問題。
舉例來說，曾有餐飲業的獨資商號負責人A欠稅上百萬元，卻刻意隱瞞欠稅事實，直接將商號轉賣給下一位負責人B，而轉讓契約註記B概括承受A一切權利義務，包括經營期間未繳清的稅負與罰鍰。
但國稅局隨後掌握A逃漏稅事實，開出百萬元補稅單，經B詢問國稅局，國稅局指出，獨資商號若有積欠稅負情況，稅局只會針對獨資商號發生欠稅事實時登記負責人追稅，後面接手的負責人免擔心。
官員表示，有些獨資商號的轉讓契約會明訂購買方需概括承受一切權利義務，但契約所訂定的權利義務僅限於私法關係，例如積欠個人債款、未付貨款等當事人間問題。
如果是欠稅，官員強調屬公法上應負擔義務，不受私法契約規範，因此欠稅人將獨資商號轉讓他人，國稅局也只會針對原本欠稅人追稅，不會連累到後面接手的資本主。
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