採行「連結稅制」的企業集團，以未分配盈餘進行投資後，須留意各別事業體的抵稅上限，勤業眾信會計師陳惠明指出，就算全集團有盈餘，當年度為虧損的事業體，無法適用實質投資減除優惠；有盈餘的事業體，可適用實質投資抵減額度，也要從全集團角色來計算上限。
陳惠明表示，為鼓勵企業透過未分配盈餘，興建或購置自用建築物、軟硬體設備或技術等實質投資，財政部已依據《產業創新條例》第23-3條規定，訂《公司或有限合夥事業實質投資適用未分配盈餘減除及申請退稅辦法》。
不過針對連結稅制的母子公司，未分配盈餘計算比較複雜，陳惠明表示，直到去年5月8日，財政部才額外發布函釋，定調此類企業集團適用的方式。
以金控集團為例，陳惠明表示，假設全集團共有金控母公司A、子銀行B、子保險C、子證券D，在連結稅制下，母公司A與子公司B、D都有獲利，但是C公司是虧損。
陳惠明表示，根據財政部函釋，母公司A須扣除全集團子公司的稅後淨利或淨損，確認母公司個別稅後淨利，接著才計算按各事業體的獲利比例，計算可適用的未分配盈餘投資抵減上限。
然而控股母公司的稅後淨利，多數源自於子公司，陳惠明指出，既然扣除子公司的稅後淨利後，母公司的個別淨利可能所剩無幾，可適用的投資抵減比例，也會相對較低。根據上述函釋計算後，陳惠明表示，連結稅制底下的這間金控集團，其保險部門（C公司）因為是虧損狀態，因此該公司的實質投資，不適用未分配盈餘投資抵減優惠。
陳惠明表示，至於其他有盈餘的子公司，進行實質投資時，則應留意投資抵減的上限，不能只考量自身的個別稅後盈餘，而必須先計算集團合併申報後，未分配盈餘所歸屬的上限，譬如D公司即便稅後淨利有3,000萬元，但整合全集團盈虧後，D公司可以適用投資抵減的盈餘數，可能不到1,000萬元。
